Узумаки Наруто обвиняется в покушении на Райкаге и убийстве нескольких Джонинов из Кири- и Ивагакуре. Он попадает в тюрьму Хозукиджо, так же известную как "Кровавая тюрьма". Вскоре он понимает, что хозяин тюрьмы, Муи, крадет Чакру заключенных с помощью специальной техники и что его посадили в тюрьму для того чтобы из него высасывали чакру и пытается сбежать.

Во всех великих странах люди, обладающие модифицированным геномом, пропадают! Главы стран начинают подозревать Страну Огня, т.к. только там не пропал ни один шиноби. Ситуация сильно обостряется, и возможно начало новой мировой Войны Шиноби! Команда Какаши идет по следам пропавших шиноби, которые приводят их к горе Шумисен. В это время шиноби Хируко объявляет от лица Скрытой Деревня Листа всем нациям войну! Хируко нужен пятый геном - Шаринган, которым обладает Хатаке Какаши. Какаши бросает деревню, чтобы остановить Хируко, даже ценой своей жизни. Узнав об этом, Наруто и Сакура вопреки приказу Хокаге покидают деревню вслед за ним. Но что выберет Наруто - жизни жителей деревни или жизнь Какаши-сенсея?

Загадочная группа Шиноби, называется Сора-Нин (Ниндзя Неба) из Страны Неба, делает внезапное нападения на Коноху, потому что Коноха уничтожила почти всю Страну Неба в течение последних мировых войн Шиноби. Группа начала нападения на Коноху, вызывая массовый хаос. Летающие ниндзя пришли с крылато-механическими устройствами для бомбардировки. Некий мальчик приходит информировать Коноху, что его деревня подверглась нападению, и он ищет своего Учителя, который в настоящее время находится в Конохе и ищет кого-нибудь в помощь по спасению его деревни. Команда из трех человек, состоящая из Наруто, Сакуры и Хинаты, отправляется, чтобы помочь мальчику. Они сопровождают Амару - мальчика и Шинноо - его Учителя, обратно в деревню

Ниндзя-отступники, адепты Темного искусства, в поисках силы и власти пробуждают древнего демона Моурьо, который поднимает армию терракотовых воинов и приступает к завоеванию мира. Каменные воины легко сметают заставы и целые крепости, а темные ниндзя, которыми командует сам Моурьо, кажутся неуязвимыми. У Пяти стран одна надежда – пока Моурьо не обрел свое тело, скрытое в подземном храме в Стране Болот, он все еще не вошел в полную мощь. Лучшие силы Конохи брошены на то, чтобы задержать врагов, а тем временем Наруто, Ли и Сакура под руководством Нэйджи отправляются на тайную миссию – защитить молодую верховную жрицу Шион, которая одна способна снова запечатать пришельца из потустороннего мира. Но миньоны великого демона не дремлют, а сама Шион внезапно предсказывает Наруто скорую смерть…