История вращается в основном вокруг новых приключений Узумаки Наруто, Харуно Сакуры и их поиска Учиха Саске после того как тот покинул родную деревню чтобы обрести силу у Орочимару. Сюжет также покажет большую активность, чем прежде Акатсуки в продвижении их плана по захвату всех «хвостатых» монстров.