Двенадцать тысяч лет назад на Земле, помимо людей, существовали еще и Чёрные ангелы. Выжидая своего часа, они выбирали удобный момент для того, чтобы уничтожить всё человечество. Когда у них появилась возможность свести счёты, защитить людей вызвалась международная организация под названием "Деава". Грядёт великая битва не на жизнь, а на смерть, победить в которой организации может помочь только лишь их секретное оружие - огромный робот Акварион. Он состоит из трёх истребителей, каждый из которых управляются человеком. Только лишь когда они соединены в одно целое, Акварион обретает свою максимальную силу, способную уничтожить всех на своём пути. Одним из истребителей умело управляет пятнадцатилетний мальчишка, которому и предстоит определить дальнейшую судьбу всей человеческой расы на Земле.